Zespół prawników ClientEarth przygotował analizę prawną na temat prawidłowości wdrożenia dyrektywy. To najważniejsze wnioski:

• W nowelizacji odsunięto w czasie osiągnięcie zakładanego przez dyrektywę skutku poprzez odroczenie do 27 miesięcy po wejściu w życie projektu ustawy, rozpoczęcia funkcjonowania mechanizmu zmiany dotychczasowych pozwoleń zintegrowanych. Procedura kontroli i zmiany dotychczasowych pozwoleń zintegrowanych ma zakończyć się dopiero cztery lata od wejścia w życie projektu ustawy transponującej, co jest sprzeczne z istotą funkcjonowania konkluzji BAT. Z dyrektywy o emisjach przemysłowych wynika bezwzględny obowiązek kontroli i zmiany dotychczasowych pozwoleń zintegrowanych cztery lata po ich opublikowaniu w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej.
• Zawężono obowiązek sporządzania raportu początkowego. To operator ma ocenić czy emitowane przez instalację substancje stwarzające zagrożenie dodatkowo powodują ryzyko skażenia gleby i wód podziemnych. Pozostaje otwarte pytanie jak miałaby wyglądać ocena bez przeprowadzenia raportu początkowego.
• Rozszerzono zamknięty w dyrektywie katalog odstępstw od granicznych wielkości emisyjnych na dwa sposoby: 1) Po pierwsze ustanawia się nową przesłankę „innych czynników mających wpływ na funkcjonowanie instalacji i środowiska jako całości”. 2) Prawodawca krajowy nie precyzuje czy okres do udzielenia czasowego (do 9 miesięcy) wariantu funkcjonowania instalacji zawierającego dopuszczalne wielkości emisji przekraczających graniczne wielkości celem prowadzenia badań nad nową technologią jest okresem łącznym, czy może być powielany wedle potrzeb operatora i oceny właściwego organu.
• Odsunięto w czasie ewentualne obciążenia finansowe i organizacyjne operatorów, tym samym prolongując osiągnięcie celu zapisanego w dyrektywie o emisjach przemysłowych. Ustawa przesuwa terminy dostosowania dotychczasowych instalacji do wymagań określonych w dyrektywie o emisjach przemysłowych i już opublikowanych w konkluzji BAT oraz umożliwia wprowadzenie późniejszego niż 4-letni okres dostosowania instalacji do wymogów wynikających z konkluzji BAT, jednak wnioskodawca nie precyzuje jak długi miałby to być okres.
• Ograniczono obowiązek informowania związany z wnioskiem o wydanie pozwolenia zintegrowanego. Zgodnie z dyrektywą wniosek o wydanie pozwolenia powinien zawierać opis dotyczący „charakteru i ilości przewidywalnych emisji z instalacji do każdego komponentu środowiska”. Ustawodawca zawęża tę kategorię jako sprowadzającą się jedynie do ścieków przemysłowych.
• Nowelizacja dopuszcza prowadzenie działań inwestycyjnych na obszarze NATURA 2000 wbrew ustaleniom planu zadań ochronnych lub planu ochrony, jeśli tylko są one realizowane w ramach inwestycji celu publicznego. Regulacja ta jest sprzeczna z art. 6 ust. 3-4 Dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory.
• Stworzono tylko pozorny obowiązek oczyszczania terenu objętego działalnością operatora, ponieważ wprowadzono wiele jego złagodzeń, takich jak: 1) rozszerzenie zakresu zastosowania samooczyszczenia. Jego jedyną oznaką może być ogrodzenie obszaru dotychczasowej działalności. 2) Dopuszczone jest odstąpienie od niego z przyczyn finansowych, czego dyrektywa o emisjach przemysłowych nie przewiduje. 3) Brakuje wskazania operatora jako odpowiedzialnego za przeprowadzenie oczyszczenia.